L'étude de HERNAN et coll. paraît méthodologiquement assez solide. Il s'agit d'une étude cas/témoins, réalisée auprès d'adultes de plus de 18 ans, britanniques, consultant auprès de médecins généralistes et faisant l'objet d'un recueil informatisé, prospectif, de leur suivi médical. Dans cette très vaste base de données médicales, informatisées, ont été identifiés des cas de sclérose en plaques (SEP) diagnostiqués entre janvier 1993 et décembre 2000, ayant au moins 3 ans d'antériorité dans leur suivi dans la base de données médicales. Sur ces dossiers, ont été identifiés la date du diagnostic et des premiers symptômes de SEP, le calendrier vaccinal dans les 3 années antérieures à ces diagnostics. Chaque cas index a été apparié à 10 patients de la base de données, pour l'âge, le sexe, le cabinet du généraliste, la date de première prise en charge médicale. L'analyse des documents a été réalisée par 2 investigateurs, indépendants, sans connaissance des antécédents de vaccination. Afin d'évaluer la sensibilité de l'analyse en fonction de la date index (date des premiers symptômes), les auteurs ont réalisé une seconde analyse, avec des témoins différents de la première, dans laquelle la date index était définie comme la date de diagnostic de la SEP. 163 cas de SEP ont ainsi été identifiés, comparés à 1 604 témoins. Cette étude montre que 11 sur 163 cas de SEP avaient été vaccinés contre le virus de l'hépatite B, dans les 3 années précédant les premiers symptômes de SEP (6,7%) alors que 39 sur 1 604 témoins appariés seulement, avaient été vaccinés contre le virus de l'hépatite B (2,4%). Cette différence apparaissait comme significative, avec un odds ratio à 3,1, et un indice de confiance à 95 % compris entre 1,5 et 6,3, soit significativement différent de 1.
Tous les cas vaccinés étaient âgés de plus de 18 ans au moment de la survenue des premiers symptômes. L'âge moyen des cas de SEP vaccinés (37 ans) était similaire à l'âge moyen chez les cas non vaccinés (36,1 ans). Dans cette étude, les patients atteints de SEP ont donc été plus fréquemment vaccinés contre l'hépatite B que les témoins, dans les 3 ans précédant la survenue des premiers symptômes de SEP. Les résultats demeurent statistiquement significatifs lorsque les sujets ayant une indication connue de la vaccination (du fait de l'exposition à un risque d'hépatite B, personnel ou professionnel, par exemple) sont exclus de l'analyse. La prise en compte dans l'analyse de l'ensemble des cas de SEP, y compris celles dont le diagnostic était considéré comme seulement possible (nombre total de cas : 188) montre également un odds ratio statistiquement significatif. Les odds ratio sont plus élevés lorsque l'on considérait les deuxième et troisième années avant la date index, que pour l'année précédant immédiatement la date index (différence  cependant non significative). Par ailleurs, les résultats ne suggéraient pas l'existence d'un effet - dose. Pour les autres vaccins, il n'était pas retrouvé d'association significative entre la survenue d'une SEP et un antécédent de vaccination, dans les 3 années précédentes, contre le tétanos ou contre la grippe.

L'étude de HERNAN et coll. a fait l'objet de nombreuses lectures, critiques, recherches de biais possibles :

Il paraît le plus important : la vaccination contre l'hépatite B n'est proposée, en Grande Bretagne, qu'aux groupes à risque (profession de santé, situations à risque) entraînant de possibles biais, notamment liés à la capacité pour les personnes vaccinées d'attirer plus précocement l'attention des médecins sur des symptômes neurologiques évocateurs de SEP. De la même façon, il est possible, dans ce type d'étude, que pour les patients présentant des premiers symptômes d'une SEP, des informations concernant la vaccination étaient notées de façon plus précise dans la base de données, dans l'hypothèse d'une imputabilité de la maladie neurologique au vaccin.

Le faible effectif de cas vaccinés parmi les patients ayant une SEP (n = 11) rend l'analyse très sensible aux possibles erreurs de classification portant sur le diagnostic des cas ou sur les antécédents de vaccination, en particulier dans le groupe des témoins (39 témoins vaccinés seulement).

Le risque statistique de première espèce est le risque de conclure à tort à une différence qui n'existe pas en réalité, ce risque n'est pas négligeable lors de la répétition de plusieurs études sur le même sujet. L'étude actuelle est publiée après 10 études antérieurement négatives. On peut estimer le risque de première espèce, à environ 25 %, qui est le risque que l'étude actuelle n'apparaisse comme significative que par l'effet simple du hasard, consécutif à la multiplication des études sur le même thème.

La plausibilité biologique de l'induction ou du déclenchement d'une SEP dans les 3 années suivant la vaccination contre l'hépatite B est peu cohérente avec des hypothèses antérieures fondées sur le profil des cas notifiés spontanément. Il est peu probable que le risque soit lié aux adjuvants aluminiques que contiennent les vaccins contre l'hépatite B, le vaccin anti-tétanique contient également un tel adjuvant et apparaît plutôt protecteur dans cette étude. Il n'y a par ailleurs pas de cas décrit de déclenchement ou d'aggravation de SEP au cours d'une infection spontanée virale B, ce qui rend difficilement explicable comment l'injection de fragment de virus pourrait déclencher cette maladie neurologique.