Les virus dépistés systématiquement sur chaque don de sang répondent à ces 3 conditions, auxquelles s’associe une quatrième caractéristique : la possibilité d’une pathogénie sévère chez le receveur
 
En cas de contamination par un virus à incubation longue (VIH, VHB), pour qu’un patient déclare une infection virale post-transfusionnelle, il faut qu’il reste en vie. Or du fait de la gravité de la pathologie initiale ayant conduit à les transfuser, environ 30% des patients décèdent dans les 6 mois, et la moitié dans les 2 ans suivant leur transfusion.

Cette étape réalise la qualification biologique du don.
 
En 2005, les virus suivants sont systématiquement recherchés sur tous les dons :
- VIH 1 et 2
- VHB
- VHC
- HTLV
- CMV

Historique :
Les tests pratiqués systématiquement sur les dons de sang se sont enrichis au fil des années au fur et à mesure de la découverte de nouveaux virus transmissibles par transfusion, et de l’amélioration des techniques de laboratoire.

Le diagnostic du génome viral
 Ce test consiste à mettre en évidence par technique PCR (polymérase chain reaction), les acides nucléiques du virus, dont la présence traduit l’existence  de particules virales potentiellement infectantes chez le donneur.
Cette recherche a un intérêt en cas d’infection virale récente, puisque sa positivité est beaucoup plus précoce que celle des tests sérologiques. (7 jours après l’infection pour le VHC, et 11 jours après l’infection pour le VIH )
Elle permet donc de raccourcir considérablement la phase « éclipse » au cours de laquelle un donneur récemment contaminé par le VHC ou le VIH peut donner son sang, sans qu’aucun marqueur sérologique  détectable ne bloque la qualification biologique du don.
La durée de cette « fenêtre sérologique », correspondant au délai entre l’infection et l’apparition des marqueurs sérologiques est en moyenne de
-  22 jours pour les anticorps anti-VIH
-  66 jours pour les anticorps anti-VHC
 
Cette technique n’est pas utilisée en routine pour le VHB.

Risque résiduel viral
Le risque résiduel viral est le risque théorique calculé de transfuser un produit contaminé, donc a priori prélevé chez le donneur pendant la phase d’éclipse, à un receveur. Le risque réel de contamination est inférieur à ce risque théorique (par exemple, la transfusion d’un don contaminé par le VHB à un receveur vacciné serait sans conséquence).
Ce risque théorique est fonction de l’incidence et de la prévalence de ces infections dans la population des nouveaux donneurs ; cette prévalence est stable depuis 2000. Du fait de la présélection, la prévalence des infections virales chez les donneurs est inférieure à celle de la population générale.

Il est évident que le meilleur moyen d’éviter une contamination transfusionnelle est de ne pas transfuser.  La transfusion gardant néanmoins des indications incontournables, son utilisation doit être précédée d’une discussion bénéfice/risque. L’AFFSSaPS a édité à l’intention des prescripteurs des recommandations concernant l’utilisation des PSL, et les seuils transfusionnels à respecter en fonction des pathologies

Avant la sensibilisation au risque viral transfusionnel, et jusqu’en 1990, date à laquelle le dépistage systématique du VHC par sérologie chez les donneurs a été mis en place, les PSL ont été parfois utilisés avec une facilité excessive. Des contaminations par le VHC remontant à cette époque sont encore dépistées actuellement.
En 2005, concernant les virus actuellement connus, le nombre de nouvelles contaminations virales est infime. De nouveaux problèmes peuvent néanmoins survenir du fait de virus émergents. Ce n’est pas le cas à l’heure actuelle en ce qui concerne les hépatites, mais dans d’autres domaines de nouveaux virus pour lesquels il n’existe pas de méthode de détection chez le donneur peuvent être à l’origine de contaminations et de maladies mal connues, plus ou moins sévères. Cette possibilité théorique est une raison supplémentaire pour une utilisation des transfusions, restreinte au strict nécessaire.

L’hémovigilance est chargée de trois missions concourant à la sécurité transfusionnelle des receveurs :

Ce suivi permet en cas de séroconversion chez un donneur, de rechercher les receveurs des dons provenant de ce donneur, et de les tester pour vérifier qu’ils n’ont pas été contaminés au cas ou un de ces dons aurait été prélevé pendant la « phase éclipse »

Elle permet à tout moment, si nécessaire, de savoir quels PSL a reçu un patient et de retrouver les donneurs correspondants. Cette enquête, menée en collaboration entre ES et EFS doit respecter l’anonymat du donneur et du receveur.

Il a été mis en place en 1996 et comporte un dépistage systématique chez le receveur avant toute transfusion, sous réserve de son consentement (en cas de refus, celui ci doit être signalé dans le dossier), et un contrôle post-transfusionnel.  Trois mois après une transfusion de PSL, le receveur est informé de la nécessité d’effectuer un test de contrôle (qui peut être réalisé par le médecin traitant) Au cas où ce contrôle est positif, on voit toute l’importance du bilan pré-transfusionnel qui  permet d’affirmer, comme cela est le cas le plus souvent, que la contamination était antérieure à la transfusion.
Comme dit plus haut, une circulaire ministérielle récente supprime ces mesures en ce qui concerne le VIH et le VHC. Certes, le risque transfusionnel actuellement très faible explique cette mesure. Pour le VHC, compte tenu du risque résiduel actuel, il faudrait effectuer plus de 6 millions de dépistages post-transfusionnels pour espérer dépister une contamination (risque théorique) On peut s’interroger sur les conséquences de la suppression du dépistage pré-transfusionnel. En effet, une hépatite C  antérieure méconnue, ce qui n’est pas exceptionnel, ne pourra plus être dépistée par ce biais, alors que tout le monde s’accorde à dire que le dépistage de l’hépatite C reste insuffisant et que toute occasion doit être mise à profit pour le pratiquer.
En cas de découverte d’une infection virale chez un patient ayant des antécédents plus ou moins anciens de transfusion, le correspondant d’hémovigilance de l’établissement de soins où a eu lieu la transfusion doit être averti, afin de réaliser une enquête transfusionnelle en collaboration avec l’EFS. La phase ascendante de cette enquête cherche à remonter jusqu’au(x) donneur(s), à l’aide des numéros de don des PSL administrés au receveur. Si un des donneurs est trouvé porteur d’une infection virale, la phase descendant de l’enquête aura pour but de retrouver les éventuels autres receveurs des PSL issus de ce donneur, pour dépister chez eux une éventuelle infection virale. Les PSL issus de ce donneur et encore éventuellement en réserve (PFC le plus souvent) seront recherchés et bien entendu éliminés.