Selon l’objectif de la victime d’un préjudice, la juridiction intéressée n’est pas la même, et le type de responsabilité invoqué est différent.

Si le but est d’obtenir une sanction du responsable (amende ou emprisonnement), la responsabilité pénale est recherchée. Les juridictions concernées sont dans ce cas le tribunal correctionnel et la cour de cassation. Ce type de responsabilité concerne exceptionnellement les préjudices liés aux infections d’origine nosocomiale ou transfusionnelle, sauf faute manifeste (négligence ou imprudence grave, malveillance, réutilisation volontaire de matériel à usage unique…)

Dans la grande majorité des cas d’infections nosocomiales, la victime cherche à obtenir une réparation financière du préjudice sous forme de dommages et intérêts. La juridiction concernée varie selon le statut du médecin, ou de l’établissement où ont eu lieu les actes de soin, diagnostic ou prévention supposés responsables de l’infection. Pour les infections d’origine transfusionnelle, c’est le statut du centre fournisseur des produits sanguins qui déterminait la juridiction compétente, jusqu’à la création de l’Etablissement Français du Sang (EFS,1998) et de la modification de la législation (2000).

La juridiction judiciaire concerne les médecins libéraux, les médecins exerçant dans les établissements privés et les établissements privés eux-mêmes. Elle peut également s’appliquer aux médecins hospitaliers à titre individuel, soit dans le cadre de leur  activité libérale
, soit en cas de faute détachable, c'est-à-dire de faute personnelle grave et totalement indépendante de l’organisation de l’établissement. En cas de condamnation, l’indemnisation sera à la charge de l’assureur du médecin ou de la clinique. Les centres de transfusion sanguine (CTS) de statut privé ou d’association loi 1901 relevaient également de cette juridiction en cas de contamination transfusionnelle.

Pour les infections nosocomiales supposées avoir eu lieu au cours de soin dans un établissement public, ce n’est pas la responsabilité personnelle du médecin qui est recherchée, mais celle de l’hôpital. La charge de l’éventuelle indemnisation incombe à l’assureur de l’établissement concerné.
Actuellement toutes les infections d’origine transfusionnelle même anciennes, relèvent de la juridiction administrative, l’EFS, organisme public, ayant repris le passif des anciens CTS.

Elle ne concerne que les infections d’origine nosocomiale. Les conditions de ce type d’indemnisation, détaillées plus bas,  ont été définies par la loi du 4 mars 2002, puis modifiées par la loi du 30 décembre 2002. C’est la Commission Régionale de Conciliation et d’Indemnisation (CRCI) qui décide de la possibilité d’indemnisation à ce titre. Si les conditions sont remplies, l’indemnisation au titre de la solidarité nationale est à la charge de l’Office National d’Indemnisation des Accidents Médicaux (ONIAM).

La jurisprudence entérine l’interprétation des textes de droits, et les précisions qui leur sont apportées à l’occasion de décisions de justice, et sert de référence pour les décisions ultérieures. Elle est établie par la cour de cassation pour la juridiction judiciaire, par le conseil d’état pour la juridiction administrative. L’existence de ces deux systèmes indépendants explique les différences possibles entre les jurisprudences judiciaires et administratives et le fait que, pour des cas identiques, la décision puisse être différente selon que l’établissement incriminé est de statut privé ou public.